Исследовал территориальную организацию управления Сибирью, роль сибирской генерал-губернаторской и губернаторской власти, эволюцию взаимодействия центральных и местных государственных органов, в том числе проблемы взаимодействия центра и региона. Автор более 400 научных и учебно-методических работ, в том числе 14 монографий. Выступал руководителем ряда международных и российских исследовательских проектов по истории России, был вовлечен в редакторскую работу. Создал в Омске научную школу исследований истории азиатских территорий Российской империи.