Архив был создан во время Великой Отечественной войны, в 1943 году. Ввиду сложной международной обстановки на Дальнем Востоке и условий военного времени, правительство приняло решение об эвакуации архивных документов вглубь страны. Изначально документы вывезли в Минусинск, но там не было необходимых помещений для архива, поэтому документы переместили в Томск, где на базе эвакуированных дальневосточных архивов был образован Центральный государственный архив РСФСР Дальнего Востока (ЦГА РСФСР ДВ).
Однако такая географическая отдаленность архива от Дальневосточного региона мешала развитию исследований на Дальнем Востоке. 13 февраля 1991 г. Совет Министров РСФСР принял постановление № 96 «О переводе Центрального государственного архива РСФСР Дальнего Востока из г. Томска в г. Владивосток». И уже в 1992 году началось перемещение архива из Томска во Владивосток (для исследователей стал доступен в 1994 году). Переезд архива закончился только к 1 января 2006 года, однако, как отмечают в архиве, из-за отсутствия площадей большая часть фондов находится в складированном состоянии.
В архиве хранится 4143 фонда общим объемом более 500 тыс. документов за 1722-2005 гг. Здесь хранятся документы по истории краев и областей Дальневосточного Федерального округа преимущественно за период с середины XIX в. до конца 1930-х гг. Для исследования истории региона в составе Российской империи наиболее информативны фонды Главного управления Восточной Сибири, канцелярий Приамурского генерал-губернатора и военных губернаторов областей, Приморского областного правления, городских дум и управ, административно-полицейских, таможенных, медицинских, почтово-телеграфных и прочих учреждений. Особое место, по истории советского периода, занимают фонды Дальневосточного революционного комитета, Дальневосточного краевого исполнительного комитета, местных ревкомов и исполкомов, судебных, статистических органов, профсоюзных организаций.
Архив активно публикует сборники документов и материалов, для ввода в научный оборот наиболее емких в информационном отношении фондов. Помимо прочего, сотрудники принимают участие в научных мероприятиях, а также организовывают всероссийские и международные мероприятия; устраиваются тематические выставки, посвященные различным историческим событиям и персоналиям (например, 115-летию Приамурского генерал-губернаторства; 100-летию высшего образования на Дальнем Востоке, 90-летию создания государственной архивной службы; российско-китайским, российско-французским отношениям на Дальнем Востоке, 120-летию образования Уссурийского казачьего войска и др.). [2]